可惜的是，谢安不不被迫引退，谢玄也放弃了对北府军的掌控。谢安所想的是，以自己的退让换来司马曜和司马道子的妥协，保持朝廷权力的总体平衡，共治的延续。
然而，事与愿违。当谢氏不再具有绝对的实力以压制各方之后，朝廷陷入了混乱之中。
司马氏兄弟自己内部首先便出了问题。司马道子的实力膨胀，让身为皇帝的司马曜感到了恐慌。能够压制司马道子的谢氏没了之后，在没有任何人可以控制司马道子。不已之下，司马曜试图扶持外戚王恭以压制司马道子。
司马曜想的挺好，可惜他低估了自己的弟弟的狠辣手段。死在张贵人床上的司马曜恐怕怎么也没想到，杀死自己的幕后真凶便是自己的亲弟弟司马道子。司马道子年纪虽轻，但手段狠厉，胆大包天，完全不计后果。这也许是他能够迅速崛起的原因，但也让他的德望受到了极大的损害。这件事虽然人人都不不说，但是却人人都怀疑是他动的手，他将自己置于了众矢之的的地步。
司马道子固然可以利用弑君之后的立新皇以挟持，从而达到全面掌控局面的目的。但是随之而来的动荡和针对他的进攻却让大晋从此陷入了混乱之中。
王恭起兵、南方教乱，西北殷仲堪和杨佺期的起兵响应，无一不是司马道子弑君专权之后的后果。好在司马道子运气不错，在局面摇摇欲坠之时，到了李徽和谢玄一南一北的助力。王恭败亡之后，司马道子的权力和威望一下子到达了顶峰。就连司马道子自己也认为，他已经渡过了最危险的阶段，应该能够全面掌控大局了。然而，接下来的事情却让他明白了一件事，大晋的乱局远远没有结束。
西北之乱，司马道子自以为是的想要以桓玄作为抓手，进而控制杨佺期和殷仲堪。他没想到的是，桓玄才是那条真正的大鱼。默许了桓玄的一系列作为之后，司马道子察觉局面不对的时候已经为时已晚。夏口之战大败之后，司马道子已经隐约觉察到了事情棘手了。
他之所以大张旗鼓的宣扬‘传国玉玺’到手的事情，便是想以此事作为强心剂，振奋手下众人的精神，宣示朝廷的正统性，收拢人心和意志。因为他已经觉察到了西北局面的难以解决。
他依旧相信，大晋朝廷能够渡过这次难关。就像当初的王敦苏峻之乱，桓温的兵临城下，王恭的大举围城一样，都能化险为夷。可是他忘了，当年那些对坑篡夺势力的豪阀大族，已经式微了。而且是被他司马道子亲手打压下去的。王谢诸族，如今死走逃散，远离京城。留在他身边的，也都是他司马道子能够掌控的，只能听着他的吩咐做事而没有能力的废物。豪阀大族中的精英已经一个个的湮灭了。
