与此同时，在军队内部进行改革。在东府军中设立参谋部，后勤部，政治部，装备部四大机构，任命专门将领统领，负责作战指挥参谋，后勤调配，思想动员，装备供应等专门事务，明确各自职责，避免产生混乱。
所属兵马下设此四类机构，形成有机的作战整体。
在军队内部，都尉一级及以上新增士兵委员会这一机构，参与军队管理，纪律督察，监督将领行为，参与作战决策，解决内部矛盾等事务。
李徽亲自担任东府军士兵委员会主事，选派军中将领担任各层级主事官，形成一套士兵参与军队管理的制度，加强军队内部的团结和士兵的主人翁精神。
针对局面的变化，完成退役士兵的训练和动员，随时应召归军，成为无需特别训练的熟练士兵，在关键时候可以及时补充兵员。
在兵器装备上，李徽也做了要求。明年春天前新建硝田二十座，以满足日益增长的军民两用的复合肥和火药的需求。
随着火器的大量装备军队，弹药的需求增加迅速，需要加大火硝产量，以备消耗。
