混乱之中，庾希在手下卫队的保护下以乘船顺江而走，逃离京口。庾攸之便没有那么走运了，被手下哗变将士抓获杀死，尸体被送往桓温大军营中作为领赏之用。
没费一兵一卒，只是虚张声势折腾了一番，庾希手下的两万中军全部逃散投降，京口兵不血刃被拿下。庾希率不足千人的兵士逃走。
桓温自然不肯放过他，命东海内史周少孙、高平太守郗逸之率五千兵马追捕。之后派部分兵马驻扎京口，率其余大军回到京城。
朝廷众人也甚为震惊，本以为是一场火拼恶战，结果桓温不费吹灰之力便拿下京口，庾希亡命逃走。许多人开始后怕，之前许多人背地里痛骂王谢软骨头的，现在又觉王谢的决策无比英明。否则当日桓温大军攻城，京城的三万中军必抵挡不住，那将是血流成河的局面。
桓温回京之后，借着余威开始马不停蹄的清洗庾氏以及其他人。庾柔，庾倩，庾邈以及庾氏族人悉数被抓捕之后。为了给他们安上死罪，桓温命桓秘威胁新蔡王司马晃，让司马晃和御史中丞司马恬一起上书污蔑太宰武陵王司马晞和庾希内外勾结，伙同著作郎殷涓，中书舍人刘疆、曹秀等人意图趁着庾希起兵的时候里应外合谋反。
又将司马晞和其子司马综当初和袁真交往，互赠马匹盔甲兵器的旧事全部翻了出来，要求严惩司马晞父子以及相关人等。
一时间整个京城人心惶惶，阴云密布。所有人才意识到，废立只是开始，桓温清洗异己进一步立威的行动才刚刚开始。
桓温逼迫新皇司马昱下旨以谋逆之罪诛杀司马晞满门。所有人都以为司马晞父子难逃此劫的时候，意外却出现了。新登基的司马昱并没有按照桓温的意图行事，一向软弱且谨小慎微的司马昱表现出了难的强硬和坚持。桓温不论如何施压，他都不肯下旨对宗族开刀。最终只同意将司马晞父子废为庶人，贬离京城。
桓温恼怒不已，但他也知道自己不能强行逼迫司马昱按照自己的意志行事。谢安王彪之王坦之等人是不允许他这么做的，而自己也并没有打算和谢安王彪之王坦之他们彻底翻脸。
