这是中国历史上第一次两个政权南北对峙。
随后便是谢安叔侄领导的北府兵于淝水大破苻坚，为史书写下“淝水之战”浓墨重彩的一笔，北方再次进入群雄割据时代。
而在南方，作为晋军北府兵中普通一员的刘裕，则在之后镇压各类民乱中崭露头角，获取权力，成为北府兵的首领。
最终，刘裕杀死东晋最后一个皇帝晋恭帝司马德文，篡位自立，史称“南朝宋”。
在北方，拓跋鲜卑击溃各路对手，定都乐盛，一统北方，史称“北魏”。
自此之后数百年，南北对立的局面持续，朝代各自更替。
此间南朝经过萧道成取代刘氏的齐代宋，萧衍代替萧道成一脉的梁代齐。
在北方，在孝文帝迁都洛阳，全面汉化之后，由于没有处理好六镇边民的安置问题，“六镇之乱”爆发。
