设立“中枢院”，作为徐家军的最高领导机构。
院长：阮怜云，负责全面工作。
副院长：冯毅、李宗耀、顾南风、吴宗山、温子钰、辛星瀚（排名分先后）。
对徐家军来说，这几乎是一场权力大洗牌。
阮怜云成为徐家军实际领导人。当然，重大事项如果徐岩不在，由正副院长七人小组共同投票决定。
中枢院，下辖政务部、军事部、内卫部、组织部、安全部、后勤部、建设部、文教部、科研部、农业部、外务部，十一大部门。
政务部：部长冯毅。作为部门的老大，几乎可以管除了军事部和内卫部之外的一切部门。
军事部：部长李宗耀，负责军队建设和组织作战。
内卫部：部长李紫凝。负责内部监督，虽然名义上直接向阮怜云负责，但实际上李紫凝很清楚，她可以不鸟阮怜云。
组织部：部长顾南风。职能无需解释。
安全部：部长吴宗山。相当于治安部。
后勤部：部长辛星瀚，负责军民全体的后勤工作。
建设部：部长王黎初。负责定居点建设、建筑材料搜集和保管。
文教部：部长宁非池（来自福省教育部），负责文化和教育工作。
科研部：部长钟屿衡（来自原沪帮），目前主要负责末世下的生存研究。
农业部：部长杨信诚（来自新金花市），负责种植和养殖。
外务部：部长时逢春（来自鄂省外事部），目前几乎没什么实际工作，主要是储备干部，搭建框架。
