而在一切重要的国家议题举棋不定时，大将军都要询问阴阳寮的意见，包括占卜观星解卦，甚至是举办祭祀询问神明。像足利义持颁布诏书，要与大明断绝藩属朝贡关系之时，倭国的诸多官员与守护大名纷纷出面反对，毕竟不少封国与官员衣食所系，皆在此。
结果呢？足利义持真就让出云龙之介举办了一场问神祭，不用管法事是怎么做的，反正最后足利义持正大光明的说出了那句，倭国自古以来只问神明，不受他人藩属。官员们反对的声音也就此被淹没……
以神之名，阴阳寮位列幕府最有权势的部门，没有之一。
倭国此时的朝廷运转模式，完全是仿照大明的三省六部制，共设了二官八省，统领全国政务。即在天皇之下，置有担当朝廷祭祀的神只官与统括国政的太政官，太政官之下实际的行政置八省，包括：中务省、宫内省、大藏省、治部省、式部省、刑部省、民部省及兵部省。
至于征夷大将军，其实只是在乱世为驱赶夷族，所临时设立的倭国军队总指挥官，可因为兵权在握，后来默默成为了专属幕府首脑的职位，凌驾二官八省之上。
像这种护国丞相型的岗位，是很容易被人戳脊梁骨的，所以在统治中，多数将军都会依仗天皇恩宠，外加神明力量庇佑，达到法理与宗教认同上的统治认可。
